10x genomics单细胞转录组scrna-k8凯发

产品介绍

    10×genomics平台利用微流控技术分选单个细胞，将带有barcode和引物的凝胶珠以及单个细胞包裹在油滴中；在油滴中凝胶珠溶解释放反转录oligo，细胞裂解释放mrna，通过smart法获得用于测序的带barcode的cdna；液体油层破坏后，cdna进行后续文库构建，使用illumina测序平台检测，即可一次性获得大量单细胞的基因表达数据，10min内自动完成多至80,000个细胞的捕获，细胞捕获率高达65%。可实现大量细胞的快速高效标记、测序和分析，获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况，并通过对复杂细胞群体进行深入细致分析，绘制大规模单细胞表达图谱。10x genomics 单细胞应用广泛，可应用的细胞类型有：生殖细胞、胚胎细胞、神经细胞、免疫细胞、肿瘤细胞、干细胞、其他原代细胞。

                       

图：10x 单细胞转录组实验流程图

 

技术流程

                                               

样本要求：

单个样本细胞起始量达10⁵-10⁶个，活细胞数目需超过80%，建议在90%以上。

 

案例分享

《谱系追踪的转录图谱联系分化过程中的状态与命运》

lineage tracing on transcriptional landscapes links state to fate during differentiation.science, 2020.（if=41.037）

研究背景

    在细胞分化过程中，干细胞和祖细胞通过命运决定的层次结构不断前进，不断完善它们的特性，直到达到功能的终状态。推断祖细胞和其后代之间关系的黄金标准是谱系追踪，在谱系追踪中，一个祖细胞的子集通常使用标记细胞表达来定义标记基因的遗传方法定位，，然后在稍后的时间点确定它们的命运。谱系图是理解和控制分化的关键。

研究内容

    研究人员使用表达的dna条码来克隆性追踪时间转录组，并将其应用于研究造血过程中的命运确定。研究人员确定了潜在命运的状态，并将它们置于连续的转录环境中。研究人员确定了在成熟细胞上留下印记的单核细胞分化的两种途径。然而，对姊妹细胞的分析也显示出细胞具有固有的命运偏倚，而这种偏倚是无法通过单细胞rna测序检测到的。最后，研究人员从单细胞瞬时捕获中进行了动态推理的计算方法基准测试，结果表明，命运的选择比算法检测到的更早，并且细胞在拟时间中以精确且一致的动态稳定地进展。

                    

图：单细胞转录组数据动态推理细胞进程