10×单细胞转录组测序价格-k8凯发
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服务名称:
单细胞转录组测序
提供商:
广州华银康科技有限公司
规格:
/sample
传统的高通量测序是对某一组织整体的细胞合集进行测序和分析,而某一个细胞的基因信息则会被整体覆盖。随着高通量测序技术的发展,人们对基因组与表型之间的关系认识越来越深刻,单个细胞也有可能携带重要的信息。
10x单细胞测序是使用10x genomics平台,将单细胞悬液中的每个细胞分别进行标记,再通过逆转录和pcr建库测序,分析单个细胞的转录组信息。单细胞测序可以揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。
1、10×单细胞转录组测实验方案
测序策略:illumina 平台 pe150
数据量:数据量与捕获的细胞数量相关,捕获细胞越多,产生的数据量也越多,具体如下:
10x单细胞测序是使用10x genomics平台,将单细胞悬液中的每个细胞分别进行标记,再通过逆转录和pcr建库测序,分析单个细胞的转录组信息。单细胞测序可以揭示复杂细胞群体的异质性,避免单个细胞的基因表达信号被群体的平均化所掩盖。
1、10×单细胞转录组测实验方案
测序策略:illumina 平台 pe150
数据量:数据量与捕获的细胞数量相关,捕获细胞越多,产生的数据量也越多,具体如下:
捕获细胞数量
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平均每个细胞raw reads数
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数据量
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2000-5000
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40~100k
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60g
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5000-7000
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40~60k
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90g
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7000-10000
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40~60k
|
120g
|
2、单细胞转录组测技术优势
(1)精准分选:利用10x genomics平台,实现真正的单细胞测序;
(2)细胞捕获率高达65%,可实现大量大细胞的快速高效标记、测序和分析;
(3)项目周期短,技术应用范围广。
4 单细胞转录组测信息分析
1 测序数据质控和定量
1.1 测序序列统计与质控
1.2 数据定量
1.3 多样本数据合并和定量均一化
1.4 最终鉴定细胞表达量矩阵
2 细胞亚群分类
2.1细胞过滤
2.2单细胞亚群分类
3 marker基因分析
4 差异富集分析
4.1差异基因go富集性分析
4.2 差异基因kegg富集性分析
5 高级分析
5.1 已知基因在细胞亚群表达分布及热图
5.2 细胞分化拟时序分析
5.3 细胞相互作用图谱
5.4 加权基因共表达(wgcna)分析
5.5 蛋白质互作网络分析
5.6 细胞周期鉴定
4、技术流程
2.1细胞过滤
2.2单细胞亚群分类
3 marker基因分析
4 差异富集分析
4.1差异基因go富集性分析
4.2 差异基因kegg富集性分析
5 高级分析
5.1 已知基因在细胞亚群表达分布及热图
5.2 细胞分化拟时序分析
5.3 细胞相互作用图谱
5.4 加权基因共表达(wgcna)分析
5.5 蛋白质互作网络分析
5.6 细胞周期鉴定
4、技术流程
5、单细胞转录组测案例分析
案例(1)nature | 对可重复形成人体大脑皮层的“微型人脑”单细胞多样性研究
案例(1)nature | 对可重复形成人体大脑皮层的“微型人脑”单细胞多样性研究
通过对ln患者和健康个体的肾脏、血液和尿液样本进行单细胞转录组测序分析,结果显示,血液与肾脏中检测到的细胞分子特征存在相似性和差异性,而尿液与肾脏中白细胞亚群的分子活化状态高度相关,有望作为肾脏活检的代替物。使用低分辨率聚类将所取肾脏细胞分为了10个集群,基于谱系标记基因和其他基因上调,将集群标记为髓细胞(c4,c6)、t/nk细胞(c0,c1,c2,c5)、b细胞(c3,c8)、分裂细胞(c9)和肾上皮细胞(c7)。接下来,将每个谱系的细胞分别进行聚类,一共确定了21个免疫细胞集群和一个上皮细胞集群(图2)。
案例(2)nature immunology | 狼疮性肾炎患者的肾脏免疫细胞组成单细胞测序分析
案例(2)nature immunology | 狼疮性肾炎患者的肾脏免疫细胞组成单细胞测序分析
通过对ln患者和健康个体的肾脏、血液和尿液样本进行单细胞转录组测序分析,结果显示,血液与肾脏中检测到的细胞分子特征存在相似性和差异性,而尿液与肾脏中白细胞亚群的分子活化状态高度相关,有望作为肾脏活检的代替物。
使用低分辨率聚类将所取肾脏细胞分为了10个集群,基于谱系标记基因和其他基因上调,将集群标记为髓细胞(c4,c6)、t/nk细胞(c0,c1,c2,c5)、b细胞(c3,c8)、分裂细胞(c9)和肾上皮细胞(c7)。接下来,将每个谱系的细胞分别进行聚类,一共确定了21个免疫细胞集群和一个上皮细胞集群(图2)。
研究利用单细胞转录组学研究从ln患者和活体供体对照中获得的肾脏样本,揭示了ln肾脏免疫群体的复杂性,识别了髓细胞、nk细胞、t细胞和b细胞等多种疾病特异性亚群。研究发现: 大量的分裂细胞和nk细胞,表明ifnγ和细胞溶解分子的主要来源,cd8 t细胞中衰竭标记的少量表达表明了ln中的细胞毒性。浸润白细胞的干扰素反应特征与血液中,趋化因子受体cxcr4和cx3cr1在肾脏免疫细胞中频繁表达,提示它们可能是潜在的治疗靶点,尿液免疫细胞基因表达与相应的肾脏白细胞高度相关。
参考文献
[1] arazi, a., rao, d. a., berthier, c. c., davidson, a., liu, y., … diamond, b. (2019). the immune cell landscape in kidneys of patients with lupus nephritis. nature immunology.
[2] velasco, s., kedaigle, a. j., simmons, s. k., nash, a., rocha, m., quadrato, g., … arlotta, p. (2019). individual brain organoids reproducibly form cell diversity of the human cerebral cortex. nature, 570(7762), 523–527.
使用低分辨率聚类将所取肾脏细胞分为了10个集群,基于谱系标记基因和其他基因上调,将集群标记为髓细胞(c4,c6)、t/nk细胞(c0,c1,c2,c5)、b细胞(c3,c8)、分裂细胞(c9)和肾上皮细胞(c7)。接下来,将每个谱系的细胞分别进行聚类,一共确定了21个免疫细胞集群和一个上皮细胞集群(图2)。
研究利用单细胞转录组学研究从ln患者和活体供体对照中获得的肾脏样本,揭示了ln肾脏免疫群体的复杂性,识别了髓细胞、nk细胞、t细胞和b细胞等多种疾病特异性亚群。研究发现: 大量的分裂细胞和nk细胞,表明ifnγ和细胞溶解分子的主要来源,cd8 t细胞中衰竭标记的少量表达表明了ln中的细胞毒性。浸润白细胞的干扰素反应特征与血液中,趋化因子受体cxcr4和cx3cr1在肾脏免疫细胞中频繁表达,提示它们可能是潜在的治疗靶点,尿液免疫细胞基因表达与相应的肾脏白细胞高度相关。
参考文献
[1] arazi, a., rao, d. a., berthier, c. c., davidson, a., liu, y., … diamond, b. (2019). the immune cell landscape in kidneys of patients with lupus nephritis. nature immunology.
[2] velasco, s., kedaigle, a. j., simmons, s. k., nash, a., rocha, m., quadrato, g., … arlotta, p. (2019). individual brain organoids reproducibly form cell diversity of the human cerebral cortex. nature, 570(7762), 523–527.
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